秘密任務不是在影子任務留言板接，而是必須與 塔拉 拉赫王城 謁見室 NPC錫妮 交談並選擇「秘密任務」，其中「帕爾赫德族的守護神」與「影子世界的紅龍」需要完成 G11主線任務 才能接，而 地下水道的秘密實驗 則是需要完成 G11S2支線任務 後才有該任務可以選擇，只有接任務的玩家才有此限制，一起進行任務的隊友不論是否有解完任務皆可。
接到任務後，無法直接由巨石陣進入影子世界，必須要有相對應的通行證才有辦法進行任務，通行證的取得方式基本上是從各個影子任務中以低機率隨機取得，通行證與地下城通行證一樣有時間的限制，限制時間為現實時間的 7 天，但秘密任務通行證可放寵物背包也可交易。
秘密任務評價分數
完成秘密任務後會出現此次任務的表現評價，會依據好幾個標準的分數總合而給予如S、A、B 等等的評價。最高就是 S級 的評價，除了能夠完成日記成就中的項目外，也有機會從獎勵寶箱一次開到兩個物品，也有物品是只有得到 S級 的評價才有機會拿到的。
- 完成任務
這是只要完成任務就一定會給予的分數，完成任務固定能得 2000 分。 - 任務難度
依完成的任務難度不同，所給予的分數也不同。
中級 0 分
高級 750 分
最高級 2000 分 - 完成時間
在限時完成任務的時間最高為2999分，隨時間超過開始扣分。
中級 15 分鐘內完成 2999 分。
高級 20 分鐘內完成 2999 分。
最高級 30 分鐘內完成 2999 分。 - 使用道具次數
此這項目的分數最高就是 0 分，會依隊伍中所有隊員的道具使用次數來扣分，共有六個階段的分數標準，分別為 0,-200,-400,-600,-800 最低為 -1000 分，任務的難易度不同，使用次數的扣分標準也不同。
使用不會扣分的道具：
提升恢復速度的藥水、解毒藥水、各種煉金術結晶、鳳凰羽毛(救寵物)、繃帶
使用會扣分的道具：
一般的回復藥水、萬能藥水(生命力萬能藥水、魔法萬能藥水、耐力萬能藥水)都是會扣分的。 - 角色無法行動
此項目的分數最高就是 0 分，會依隊伍中所有隊員的死亡次數來扣分，共有六個階段的分數標準，分別為 0,-200,-400,-600,-800 最低為 -1000 分，任務的難易度不同，使用次數的扣分標準也不同。 - 完成秘密拼圖
這項目最高是 3000 分，秘密拼圖是指打完特定的隱密房間或柱子，即使不完成秘密拼圖的房間或柱子也能繼續進行或完成任務。
秘密任務最高分數
中級 滿分為 7999 分。
高級 滿分為 8749 分。
最高級 滿分為 9999 分。
在任務進行中時畫面右上角除了顯示任務剩餘時間和經過時間外，還會顯示道具使用次數和隊伍死亡次數。玩家可以在過程中試算任務可得分數，由於要達到「S」級必須分數要達到 8000 分以上，因此中級的秘密任務是一定無法得到「S」級的。
